帳簿なしでも特定親族特別控除申告書のマイナンバー記載省略は可能？2025年12月実務対応の裏技解説

このような話を聞いたことはありませんか？

「うちの会社は小さくて専用の帳簿管理システムもないし、そもそも従業員から受け取ったマイナンバーを一定の帳簿で管理するなんて設備もない。でも、特定親族特別控除申告書にはマイナンバーの記載が必要で、毎回従業員に記載を求めるのは大変だ。何か良い方法はないものか...」

多くの中小企業の総務・経理担当者の方がこのような悩みをお持ちかと思います。2025年12月1日から新設される特定親族特別控除申告書では、原則として特定親族のマイナンバー記載が必要とされていますが、実際の中小企業の現場では、国税庁が想定する「一定の帳簿」の管理体制を整えることが困難なケースも多いのが実情です。

しかし、国税庁から発表されたQ&Aによって、帳簿管理システムを持たない企業でも、一定の条件を満たせばマイナンバー記載を省略できる実務的な解決策が明確化されました。本記事では、この「裏技」とも言える対応方法について、具体的な手続きと注意点を詳しく解説します。

原則：帳簿なしではマイナンバー記載省略はできない

まず基本原則を確認しましょう。特定親族特別控除申告書では、控除の対象となる特定親族（19歳以上23歳未満の扶養親族）のマイナンバー記載が原則として必要です。

国税庁のQ&A「3-5」では、給与支払者が「一定の帳簿」を備え付けている場合に限り、マイナンバーの記載を省略できるとしています。この「一定の帳簿」とは：

• 扶養親族の氏名
• 生年月日
• マイナンバー
• 住所等の必要事項

これらを適切に記録・管理する帳簿のことを指しています。

しかし現実には、従業員数名から数十名程度の中小企業において、こうした専用の帳簿管理システムを整備することは、コストや人的リソースの面で困難な場合が多いのです。

そこで登場するのが、今回解説する「合意に基づく省略方法」です。

例外：合意があれば帳簿なしでも省略可能

国税庁Q&A「3-6」では、帳簿を備え付けていない場合でも、以下の条件を満たせばマイナンバー記載を省略できることが明確化されました：

必要な条件

1. 給与支払者と従業員間での合意

   • マイナンバー記載省略について事前に合意を取る
   • 口頭でも可能ですが、トラブル防止のため書面での確認が推奨

2. 従業員による余白への記載

   • 特定親族特別控除申告書の余白に特定の文言を記載
   • 「マイナンバー（個人番号）については給与支払者に提供済みのマイナンバー（個人番号）と相違ない」旨を明記

3. 給与支払者による確認と表示

   • 既に保有している特定親族のマイナンバーとの照合
   • 確認した旨を申告書に明記

4. 適切な管理

   • 保有マイナンバーと申告書の適切な紐付け管理

具体的な手続きと記載例

ステップ1：従業員との合意

まず、特定親族特別控除を受ける予定の従業員と事前に合意を取ります。

合意内容の例： 「特定親族特別控除申告書の提出において、特定親族のマイナンバー記載については、既に提供済みのマイナンバーを活用し、申告書への直接記載を省略する方法で対応することに合意します。」

ステップ2：従業員による余白記載

従業員は、特定親族特別控除申告書の余白（または適切な箇所）に以下のように記載します：

記載例： 「特定親族○○○○（氏名）のマイナンバー（個人番号）については、給与支払者に提供済みのマイナンバー（個人番号）と相違ありません。」

複数の特定親族がいる場合は、それぞれについて記載が必要です。

ステップ3：給与支払者による確認

給与支払者は、以下の手順で確認を行います：

1. 既存データとの照合

   • 過去に従業員から提供を受けた特定親族のマイナンバーを確認
   • 申告書記載の特定親族情報と照合

2. 確認結果の表示

   • 申告書に「確認済み」等の表示
   • 確認者名と確認日付を記載

確認表示の例： 「特定親族○○○○のマイナンバーについて、既提供分との照合により確認済み。確認者：△△△△ 確認日：令和○年○月○日」

ステップ4：適切な管理

確認後は、以下の管理を徹底します：

• 保有マイナンバーファイルと申告書の紐付け管理
• セキュリティ対策の徹底
• アクセス権限の適切な設定
• 保管期間の遵守

管理上の重要な注意点

セキュリティ面での配慮

この方法を採用する場合、マイナンバーの適切な管理がより重要になります：

1. データの分散管理

   • 申告書とマイナンバーファイルが別々に保管される
   • 紐付け情報の管理が複雑化

2. アクセス制限

   • 両方のデータにアクセスできる担当者の限定
   • 権限管理の徹底

3. 照合記録の保持

   • いつ、誰が、どのような方法で確認したかの記録
   • 監査対応のための証跡管理

実務上の留意点

1. システム化の検討

   • 従業員数が増加した場合の対応
   • 将来的な帳簿システム導入の検討

2. 年度更新への対応

   • 毎年の確認手続きの標準化
   • 新入社員への説明体制

3. 法改正への対応

   • 制度変更時の迅速な対応体制
   • 関連法令の定期的な確認

企業規模別の対応戦略

従業員5名以下の小規模企業

• 個別対応で十分管理可能
• 表計算ソフトでの簡易管理
• 年1回の一括確認で効率化

従業員6-20名の中小企業

• 部分的なシステム化の検討
• 担当者の明確化
• チェック体制の構築

従業員21名以上の企業

• 帳簿システムの本格導入を検討
• 専任担当者の配置
• 包括的な管理体制の構築

将来的な制度変更への備え

この省略方法は現行制度下での対応策ですが、将来的な変更可能性も考慮しておきましょう：

1. デジタル化の進展

   • マイナンバーカードとの連携強化
   • オンライン申告の普及

2. 簡素化の方向性

   • 手続きのさらなる簡素化
   • 企業負担の軽減策

3. セキュリティ要件の強化

   • より厳格な管理基準
   • 監査体制の強化

まとめ

帳簿管理システムを持たない中小企業でも、従業員との適切な合意と確認手続きを踏むことで、特定親族特別控除申告書のマイナンバー記載を省略することが可能です。

重要なポイント：

• 事前の合意が必須
• 従業員による余白への記載
• 給与支払者による確認と表示
• 適切な管理体制の構築

この方法は、2025年12月1日から始まる新制度に対する現実的な対応策として、多くの中小企業にとって有効な解決策となるでしょう。ただし、マイナンバーの取り扱いには高度な注意が必要ですので、セキュリティ面での配慮を怠らず、適切な管理体制のもとで実施することが重要です。

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